1.1.1.2 Proteínas

Las proteínas son macromoléculas que tienen múltiples funciones en el organismo; controlan las condiciones fisicoquímicas dentro de la célula, forman parte de las estructuras celulares y sobre todo catalizan prácticamente todas las reacciones que tienen lugar en la célula, y en este caso se les denomina Enzimas.

La presencia de una enzima y su concentración en un compartimento biológico dado, determina la capacidad de ese compartimento de llevar a cabo una reacción bioquímica y la velocidad a la cual tiene lugar.

Se conoce a detalle la estructura de varias proteínas, así como la relación que existe entre esa estructura y la función de varias de ellas. Se conoce también la cinética y los mecanismos de un número considerable de reacciones enzimáticas.

Estructura. Las unidades estructurales de las proteínas son los aminoácidos. Todas las proteínas están construidas a partir del mismo conjunto de 20 aminoácidos. El carbono alfa, enmarcado en azul en la figura que sigue, de todos los aminoácidos sostiene un grupo amino, un grupo carboxilo y el residuo característico de cada aminoácido.

Figura 1.1.1.A- Estructura de un Aminoácido.

Los residuos R tienen diferente forma, carga, tamaño, reactividad química y capacidad de formar puentes de hidrógeno. El residuo es una cadena alifática, en el caso de la glicina (Gli), alanina (Ala), valina (Val), leucina (Leu), isoleucina (Ile) y prolina (Pro). En la serina (Ser) y treonina (Thr) el residuo es una cadena hidroxialifática. En los aminoácidos triptofano (Tri), tirosina (Tir) y fenilalanina (Phe) el residuo es una cadena aromática. La lisina (Lis), arginina (Arg) y la histidina (His) tienen residuos básicos y en el ácido aspártico (Asp) y el ácido glutámico (Glu) el residuo es un ácido carboxílico. En la asparangina (Asn) y en la glutamina (Gln) el residuo tiene una función amida y en la cisteina (Cis) y en la metionina (Met) contiene un átomo de azufre.

Los aminoácidos se unen uno al otro, vía los grupos alfa amino de un aminoácido con el grupo alfa carboxilo de otro aminoácido. A esta unión se le denomina enlace peptídico y al producto se le denomina péptido.

Figura 1.1.1.B.- Enlace Peptídico.

Si se unen dos aminoácidos se le denomina dipéptido, y si son muchos se le llama polipéptido. Las proteínas están formadas por uno o más polipéptidos. En algunas ocasiones los polipéptidos están formados por más de 100 uniones peptídicas, o sea, son largas cadenas integradas por un número relativamente grande de aminoácidos.

A la secuencia en la cual están acomodados los aminoácidos en una cadena peptídica se le denomina estructura primaria y se determina genéticamente. La estructura primaria determina la estructura tridimensional de la proteína, la que a su vez determina su función.

Figura 1.1.1.C.- Estructura Tridimensional de una Proteína (Citocromo).

Los polipéptidos se sintetizan en los organelos citoplasmáticos llamados ribosomas. Los aminoácidos se van uniendo, uno a uno, a la cadena del polipéptido en formación. La selección de cuál aminoácido se integra en un punto dado de la cadena, está determinada por el mensaje genético transportado desde los cromosomas por medio de los ácidos ribonucleicos.

Una vez que se termina la construcción de la cadena, el polipéptido se libera al citoplasma donde se dobla sobre sí mismo hasta obtener la estructura tridimensional propia, pudiéndose agrupar con otros polipéptidos para constituir la proteína biológicamente activa.

La estructura tridimensional está determinada por las interacciones entre los residuos de los aminoácidos que forman la cadena peptídica. Los grupos lipofílicos tienden a estar en el centro de la molécula y los grupos polares hacia afuera. Los residuos sulfurados forman uniones disulfhidrilo que estabilizan la forma de la proteína. Las uniones del tipo interacciones de van der Waals y los puentes de hidrógeno ayudan a posicionar las cadenas en el espacio, estabilizando la estructura tridimensional. El proceso por medio del cual la proteína adquiere su conformación en condiciones fisiológicas es espontáneo, no está catalizado por ninguna enzima y la conformación final depende exclusivamente de la estructura primaria.

Cuando la proteína contiene, además de las cadenas de polipéptidos otros compuestos diferentes, se dice que la proteína es compleja. Ejemplo de proteínas complejas son las glicoproteínas involucradas en las inmunoreacciones, las hemoproteínas como la hemoglobina y la mioglobina involucradas en el transporte de oxígeno y, el citocromo P-450 involucrado en reacciones de óxido/reducción.

Enzimas. En su función como enzimas, las proteínas hacen uso de su propiedad de poder interaccionar, en forma específica, con muy diversas moléculas. A las substancias que se transforman por medio de una reacción enzimática se les llama substratos. Los substratos reconocen un sitio específico en la superficie de la proteína que se denomina sitio activo.

Al ligarse los sustrato a sus sitios activos en la proteína, quedan orientados de tal manera que se favorece la ruptura y/o formación de determinadas uniones químicas, se estabilizan los estados de transición al mismo tiempo que se reduce la energía de activación. Esto facilita la reacción e incrementa su velocidad varios órdenes de magnitud.

La enzimas tienen una gran especificidad, por ejemplo catalizan la transformación de sólo un substrato o grupo funcional, pudiendo discriminar entre dos enantiomorfos.

Normalmente el nombre de una enzima se forma con el nombre de la reacción que cataliza o el nombre del sustrato que transforman, terminando el nombre en "asa".

Por ejemplo:

• a las enzimas que transfieren un átomo de oxígeno a un metabolito se les denomina oxigenasas,
• a las que transfieren un residuo de ácido glucurónico del ácido UDPglucurónico a un metabolito o xenobiótico, se le conoce como UDP glucuronil transferasa,
• a las enzimas que catalizan la adición de una de las cuatro bases a una molécula de ADN en formación se le denomina ADN sintetasa o ADN polimerasa, las que hidrolizan el ADN se le llama ADNasa, etc.

Frecuentemente en la literatura se refieren en forma genérica a las enzimas que catalizan un tipo de reacción, por ejemplo a las que catalizan la oxidación de los metabolitos vía la transferencia de un átomo de hidrógeno a un determinado receptor, se les conoce como deshidrogenasas. En ocasiones se dice alcohol deshidrogenasa, o aldehído deshidrogenasa, cuando el compuesto que sede el hidrógeno es un alcohol o un aldehído. Sin embargo, en realidad las enzimas son más específicas que eso y actúan sobre un alcohol determinado y no en todos. De hecho, el nombre debería ser más específico y referirlo al nombre del substrato, por ejemplo; si el substrato es etanol la enzima debe de llamarse etanol deshidrogenasa. Hay otro tipo de reacciones en las que las enzimas que las catalizan reciben un nombre genérico, como las quinasas que catalizan la transferencia a un substrato de un ión fosfato del ATP. La glucoquinasa cataliza la fosforilación de glucosa en el carbón 6 para formar glucosa 6 fosfato.

Existe un método sistemático, aprobado por las asociaciones internacionales de bioquímica, para integrar el nombre de una enzima, pero el mencionado anteriormente es el que se utiliza en este trabajo.

Uniones tóxicos-proteínas. No siempre las interacciones entre las proteínas y los compuestos de relativo bajo peso molecular son del tipo enzima-sustrato. Pueden dar lugar a asociaciones de adición que no producen cambios en la cosntitución química del aducto. Esto sucede en la captación de tóxicos por las proteínas de la sangre y es una función muy importante dentro de los mecanismos de protección del organismo a la presencia de compuestos extraños ya que reduce la concentración de tóxicos libres en el plasma sanguíneo. El tóxico no asociado a proteínas es el que se puede transportar mas fácilmente a los tejidos.