La selección de parámetros fisiológicos o bioquímicos para estimar el estado de salud de peces en cultivos experimentales, o sea biomarcadores es, en la actualidad, un campo de investigación muy activo. Aún no se llega a un acuerdo sobre cuál es la respuesta tóxica más adecuada a medir en la determinación de índices toxicológicos para utilizarse en evaluación de riesgos ambientales.

Se ha estado tratando de identificar la especie de pez que se pudiera considerar "la rata blanca acuática" para hacer la determinación experimental de índices de toxicidad y extrapolar estos valores a otras especies más difíciles o imposibles de crecer en el laboratorio.

Para hacer la extrapolación entre especies de peces se han propuesto algunos modelos sencillos en los que se hace el uso de los pocos valores de CMAT determinados experimentalmente y de las bases de datos más amplias de valores de LC50 disponibles. Se calcula un "factor de aplicación" o "FA" para la especie en la que se conocen los dos parámetros para una determinada substancia:

El CMAT de la especie para la que no se ha determinado experimentalmente este parámetro pero que se conoce su 96LC50 para el mismo compuesto, se estima de la siguiente manera:

También se ha propuesto estimar las concentraciones máximas ambientales tolerables, sólo en base a las LC50. Para plaguicidas degradables se propuso usar un valor igual al 5% de la 96LD50. Para otras substancias se han propuesto valores muy diferentes que van desde el 10% de la 48LC50 hasta 96LC50 x 10^-4, aunque este último valor se considera que es sobreprotector. Desde luego que es mucho mejor la determinación del CMAT en experimentos crónicos a concentraciones subletales, porque incluye observaciones en todos los estadios de desarrollo.

Algunos investigadores critican las pruebas toxicológicas hechas en acuarios en los que se estudia la exposición de una sola especie a un solo tóxico. Consideran que estas pruebas de laboratorio, no arrojan resultados que se puedan considerar subrogados de los que se podrían observar en los ambientes naturales. En el ecosistema podría ser que la biodisponibilidad no fuera la misma que cuando el tóxico se encuentra totalmente disuelto en el agua en el ambiente experimental. Por ejemplo; en el ecosistema el tóxico se puede distribuir a los sedimentos y partículas en suspención, la temperatura y la concentración del oxígeno disuelto pueden variar de un lugar a otro y también cambiar con el tiempo siguiendo un ciclo circadiano. La sobrevivencia de la especie en estudio puede verse afectada si el cambio de comportamiento lo convierte en una presa más accesible.